关联企业成本分摊协议也是税务稽查的重点内容之一。从企业的角度来看，如果对此不够重视，可能产生两方面的后果：

一是导致所有的费用无法进行正常的税前扣除。即使符合企业所得税法关于真实性、合理性、相关性的三性要求，违规分摊的费用也不得在任何一家关联企业扣除。

二是导致特别纳税调整的发生。税务机关除了否定分摊费用之外，可能会对企业采取特别纳税调整，对企业做一次全面的税务体检，这是很多企业财务人员非常不愿意看到的事情。

那么，如何才能做到成本分摊协议的税务合规呢？作为税前扣除的一个特殊项目，国家税务总局对于成本分摊协议是有特殊规定的。总结下来，企业应当注意三个方面的问题。

一是设立时的合规。国家税务总局《关于规范成本分摊协议管理的公告》（2015年第45号）第一条规定，企业应自与关联方签订（变更）成本分摊协议之日起30日内，向主管税务机关报送成本分摊协议副本，并在年度企业所得税纳税申报时，附送《中华人民共和国企业年度关联业务往来报告表》。据此，企业与关联方只有在成本分摊开始执行之前达成分摊协议并报送主管税务机关，形式上才能达到合规的要求。

二是设立后的后续合规。成本分摊协议在签订之后，后续的实际执行过程当中，可能有旧的关联方退出，也会有新的关联方加入进来。即使参与分摊的关联方没有变化，其在执行期间的成本与收益也可能会发生变化。总体来说，就是要体现出“多收益则多分摊”的原则。

违反了签订成本分摊协议并及时报送的形式要求，或者违反了收益与成本相匹配的实质要求，都可能导致参与分摊的成本不得进行企业所得税税前扣除，并可能引发税务机关的特别纳税调整。

三是注意区分不同的费用类型，留意广告费和业务招待费用的特殊规定。在可以分摊的费用当中，有两类是非常特别的：广告费和业务招待费。这两类费用在成本分摊中是可以“拆东墙补西墙”的。举例来说，甲公司在扣除比例之内还有100万元的广告费扣除额度，关联企业乙公司的广告费则超出了乙公司自己的扣除比例，则甲公司可以与乙公司签订成本分摊协议，将本应由甲公司扣除的广告费改为由乙公司进行税前扣除。法律依据为《财政部、国家税务总局关于广告费和业务宣传费支出税前扣除政策的通知（财税〔2017〕41号）》第二条。